在物理学里面我更喜欢用“有效理论”这个词，很多时候我们说理论A是理论B的有效理论，这只是说A“实际上”或者“原则上”可以从B推导出来，但并不是说B就比A更有用或者更重要。事实上是，在A可以适用的范围内，往往具有B所没有的很多特性，可以更明确地突出所要研究的性质和极大地简化计算的复杂性。从这个意义上说，牛顿力学是相对论的有效理论，但是没有人会去用相对论研究汽车怎么跑起来的；统计力学是牛顿力学（或者量子力学）的有效理论，但是没人会真去从牛顿力学出发研究气体的行为，而且统计力学给宇宙学的研究提供了很多insight；热力学可以看作统计力学的有效理论，但是估计设计内燃机的同志们可不愿意去计算麦克斯韦分布。。。光物理自身就这样，更不用说生物这样更加复杂的系统了。。。

换个方向来看，假如我们现在有ABC三个理论，那么来设想和寻找这三个理论是否可以从一个更加普遍的理论D“实际上”或者“原则上”推导出来，这个才是物理“还原论”追求的目标吧。所以我不能同意还原论只是一种信仰或者骗取经费的说辞而不能成为推动科学进步的原动力的说法。

方舟子最近有一篇 谁是千年第一人 提到类似的问题。另外，Complexity 那本书也讲到关于意识的还原论问题。

另，摘要一下 fancyrabbit 的话：

其实我觉得
化学是火腿肠
物理是面包
上边那片面包研究分子以上层面的。。
下边那片面包研究原子以下层面的。。。

可能只有一个例外，也即使唯一剩下的神秘的东西，那就是意识，或者说心灵，我们可以找到与意识对应的神经物理过程，但也仅仅是“对应”而已。在这里用还原就是不恰当的了，因为两者完全不是一个世界的东西，而且也不存在级别的差异，是同一个层次的。不过，到底可不可以当作还原，我也还想不清楚。Atp看过马赫的书吗？强烈推荐他的学说，很简洁地解决了心物二元论。毕竟是自然科学的人才，总遵守奥姆剃刀原则。

Ps，哲学为什么会是应用社会学呢？这很nonsense！其实大家各个学科只有分工的不同、对象的基础性不同罢了。虽然知识上的基础性总难免会引起一些价值观念上的倾向。只要别太厉害、拿出来激化人民内部矛盾就行了。